一周目成都篇：一进入游戏会有操作指导，选第三项跳过。于是大木博士登场了～选择性别和起好名字后就可以开始冒险了。自家：
下楼和妈妈对话，获得背包以及人物卡。并且可以记录和设定游戏了。ワカバタウン若叶镇：
出门遇到另一主角和他/她的水鼠。之后进入研究所，和空木博士一顿啖坎后，去挑自己的同伴吧，分别是火球鼠，小锯鳄和菊叶草。之后博士便打发你去ヨシノシティ吉野市，出门前助手赠送伤药5瓶。出去冒险前还是和妈妈先打个招呼吧，和妈妈告别后获得PokeGear（手表）。出村前，博士出来把自己的电话告诉给你。29号道路：
这作的草地变化真大……熟悉一下战斗给自己的同伴升升级吧。路上有可以拾取圆柑果的树，不过暂时没有设备无法拾取。ヨシノシティ吉野市：
一进城就遇到好心的指路大爷，跟着他逛了一圈后获赠跑鞋一双。这次可以直接通过下屏锁定跑步，不用一直按B了。刚要出城又遇到好心大爷了，他将地图功能添加到你的手表上。30号道路
路上的屋子里可以获得ぼんげりケース柑果盒，以后就可以获取圆柑果了。往キキョウシティ桔梗市去的道路上有2位小朋友在PK，暂时无法通过。先给博士跑腿吧，向上走来到一间房子遇到大木博士。获得ふしぎなタマゴ不可思议的蛋，并获得图鉴。而且还登录了大木博士的电话。
刚出门就接到空木博士的电话，说有紧急事件，让你赶快回去。ヨシノシティ吉野市：
出城时遇到刚刚在博士家窗户偷窥的红发男，二话不说开始战斗吧。
对手
PM：对应主角精灵LV5ワカバタウン若叶镇
回到若叶镇，原来是研究所的精灵被盗了，肯定是那个红发男干的喽，给警察叔叔录口供，给犯罪分子起个名字吧。之后将蛋交给博士完成任务。29号道路：
另一主角在这里等着你，很慷慨的传授了给主角捕捉精灵的方法，并获赠精灵球5个。30号道路
两位小朋友已经PK完毕了，这次他们选择和你打了……在这个版本里，某些训练员战胜你后会询问是否要登记电话，登记的话，他们有时会给你来电话再次预约挑战。路上妈妈会来电话问是否要存钱，存钱的话，以后战胜训练员获得的金钱一部分会存给妈妈用来买一些特殊道具。キキョウシティ桔梗市
一路过关斩将来到桔梗市，在关卡获得战斗记录器。左下的民居可以用喇叭芽换大岩蛇。マダツボミのとう喇叭芽之塔
从市里向上走进入当地名胜喇叭芽之塔。这里是和尚们的修行场所，使用的PM大多是喇叭芽。顶部又遇到红发男，没有交手就闪了。和住持老人开战，他的PM也不强，小心猫头鹰的催眠即可，战胜后获得TM70闪光。キキョウシティ桔梗市
喇叭芽之塔Clear后就可以去挑战桔梗市的道馆了，这里的属性是飞行系。胜利后获得徽章及TM51羽休。
馆主ハヤト隼人
LV9波波
LV13比比鸟
出门接到博士电话，说其助手在商店等你拿东西，到隔壁的商店找助手获得精灵蛋一枚。出门遇到神秘舞姬，又一顿啖坎。36号道路：
出城后和路上一胖子对话获得HM06碎岩，向左的路又奇怪的东西挡住无法前进，回城向下走吧。32号道路：
训练员挺多，不过都不是很强。尽头的精灵中心里和钓鱼的家伙对话可以得到破钓竿。并得知钓鱼的方法，出现“！”后按A。つながりのどうくつ山洞通路
从精灵中心向下走来到山洞通路，地下2层需要乘浪暂时无法深入。洞内训练员也不是很厉害，注意有让人中毒的瓦斯弹即可。ヒワダタウン桧皮镇
通过山洞通路后进入桧皮镇，刚进入就看到村民和火箭队发生争执。而镇中的道馆也让火箭队拦住大门无法进入。到左上拜访一下这里的制作精灵球名人钢铁先生，他和主角越说越激动，冲出去准备对付火箭队。回到镇子入口处的井，把守的火箭队员已经不在了，于是可以下去了。（需要绕一下）ヤドンのいど呆呆兽之井
刚下井就看到钢铁先生，他把接下来的任务交给主角了。井里有火箭队员，开打吧。在洞穴中段遇到火箭队的干部ランス，不过他也是废柴一个，轻松解决后火箭队撤退了。钢铁先生也赶来了，随后回到钢铁先生家，他作为答谢，答应以后可以用圆柑果帮主角制作特殊的精灵球，并且登录了电话给你。ヒワダタウン桧皮镇
火箭队撤退后，就可以去挑战这里的道馆了。这里的道馆属性为虫系，机关蜘蛛是只要有拐弯的绳子就会走，按照左-中-解除蓝 {MOD}机关-解除红 {MOD}机关的顺序即可抵达馆主前。胜利后获得徽章及TM89蜻蜓反。
馆主ツクシ阿笔
LV17飞天螳螂
LV15铁甲蛹
LV15金甲蛹
现在可以向桐树林进发了，进入关卡前，红发男追了上来，看来大战一场又难以避免了。
对手
LV14鬼斯
LV18主角精灵2段进化
LV16超音蝠ウバメのもり桐树林
刚进入树林，就受到拜托去帮忙把大葱鸭抓回来，慢慢抓吧，这里同旧版不同，必须要绕到鸭子的身后才能抓到，鸭子的听力非常好，所以绕远不要踩到地上的碎木屑才可以接近，不过有些时候也要故意出声吸引他的注意力转移方向，总共要抓两只，发挥你的智力吧……抓齐后获得HM01砍树，这样就可以继续前进了。林子的尽头又会遇到舞姬，绕下路可以遇到个胖子，他会教精灵学习头突这个招数，这样就可以撞树摇精灵了。出关卡的时候和带八大蝴的人对话可以得到TM12.34号道路
久违的训练员战，依然不强。路的中段遇到另一主角，他告诉主角这里有养育屋设施。并且将他的电话登录给你.出门后养育屋的大爷也把电话登录给了你。コガネシティ小金市
通过了34号道路后，终于抵达了城都地区最大的城市小金市。这里设施不少，先逛逛吧。首先是广播台，在这里回答对5道问题后，就可以获得在手表上使用的广播。答案分别是YYNYN。看到你这么快的回答了问题，旁边的粉发少女上前和你聊天，原来她是此地的道馆馆主，于是她告诉你在道馆等着你。
接下来去逛逛有名的地下商店街吧，刚进去就遇到了另一主角，他会送给主角装饰品盒子。地下商店街除了店铺还有不少训练员在这里可以挑战，除此以外，这里还可以拿到游戏中心的必备品硬币盒子。和旧版不同的是，这里还新增了一家照相馆，可以给精灵打扮照相。
奇怪的帐篷是改名爷爷。
逛的差不多了就可以去挑战道馆了，小金市的道馆是普通系的，没有谜题只是路绕一点而已。馆主的牛奶坦克比较难对付，攻防都比较高而且还会回血和魅惑，要小心应付。
馆主アカネ小茜
LV17皮皮
LV19牛奶坦克
战胜后小茜生气不给我们徽章，不过经其他成员的提醒下，再次和她对话就能获得徽章了，另外还有TM45魅惑。出门后，到右边花店打个招呼，可以得到杰尼龟喷壶，靠这个就能对付36号道路那个奇怪的树了。
另外还可以在自行车店拿到自行车。35号道路
离开小金市来到35号道路，路上会有个大叔给你拍照，但是不知道有什么作用。しぜんこうえん自然公园
这里是每周246举办捉虫大会的地方。36号道路
通过公园来到36号道路，有了喷壶就可以对付那棵怪树了，原来是只胡说树（岩系），游戏中仅有一次机会遇到它，虽然不是神兽，但是还是收了吧。将其击败后，后面被挡路的家伙作为感谢，送给了主角便携树果培育盒。37号道路
过了胡说树后来到了37号道路，这段路不长，训练师对战以2V2为主。エンジュシティ圆珠市
通过37号道路后来到古城圆珠市，一进精灵中心的门就遇到了正辉君，以后回去小金市找他可以获得伊布一只。
精灵中心的左边民居可以获得探索隐藏道具用的探知机。
圆珠市最有名的便是2座古塔，目前铃塔被封印了，只能去左上的烧焦塔看看。进去后发现追寻水君的男人米那君和馆主松叶都在这里寻求解除三圣兽封印的办法，另外红发男也在这里不知道做什么。于是又是一场胜负……
对手
LV20鬼斯
LV22对应主角精灵
LV20超音蝠
LV18小磁怪
轻松战胜后向下层探索，只要下楼就能解除三圣兽的封印了。米那君发现圣兽封印解除后赶忙去追水君了，而松叶也回到了道馆。
回到城里，去知名的舞场看看吧，结果刚进去就看见之前见到几次的舞姬小姐被火箭队的白痴调戏。解决掉火箭队的白痴后，客人中的一名老人将HM03乘浪送给主角做为答谢。(伊布5姐妹去哪了-A-)
现在可以去挑战这里的道馆了，圆珠市的道馆是鬼属性。这里的机关从老版的传送地板变成了难以看清的小道，简单不少。每次战胜老太太，她们的蜡烛都会熄灭，导致无法看到道路，只能凭记忆，不过掉出去后蜡烛就会重新亮起来，所以没什么难的……馆主松叶的精灵特攻很高，但是血却不多，注意多带点解睡眠的药。战胜后获得徽章及TM30影子球。
馆主マツバ松叶
LV21鬼斯
LV25耿鬼
LV23鬼斯通
LV23鬼斯通38号&39号道路
路上会遇到一名老先生，是狩猎场的经营者，他把自己的电话登录给你。路上农场里的奶牛似乎病了，喂它吃足够的果子就能让它恢复过来。アサギシティ浅葱市
刚进城就看到红发男从道馆出来，原来这里的馆主并不在，她去灯塔给PM治病了。在绿 {MOD}房顶的房子可以获得好钓竿。来到浅葱灯塔，和老版地图有所不同，这次灯塔里需要绕外面阳台，找不到上去的路的时候不妨看看能不能出去。一路打败各种训练员来到塔顶，馆主蜜柑小姐果然在这里，原来她是在给这里的电龙治病，不过特效药只有在和浅葱市隔海相望的湛蓝市中药店才有的卖，自然，跑路又是主角的活了。40号水道
从浅葱市左侧出城就来到了40号水道，这里有另一条通往战斗边境的道路不过暂未开放。大海是广阔的，训练员是大量的，小心迷路，贴着海的左侧游就可以轻松抵达湛蓝市。タンバシティ湛蓝市
湛蓝市新增了捕捉场，不过目前扔在施工中。然后水君同学也潜伏在这里，刚想和它打个招呼就逃跑了……然后米那君出现了，他怪我们吓跑了水君，于是战斗在所难免。
米那君，注意他的顽皮弹会闪电，很痛。
LV25 素利普
LV27 顽皮弹（会闪电）
LV25 鬼斯通
别忘了正事，在精灵中心的左边药店取得了治疗电龙用的药。然后顺便把这里的道馆挑战一下吧，湛蓝市的道馆属性是格斗系。这里的道馆馆主在冲凉……呃，是修行，你需要冲到上面把水龙头关掉，就可以挑战他了。2只物攻很高的PM，小心对付快泳蛙的催眠+气合拳。胜利后获得徽章和TM01气合拳。
馆主シジマ四岛
LV29火爆猴
LV31快泳蛙
战胜他后，出会馆门，一位夫人上前，感谢你教训了他丈夫，也就是四岛馆主那个战斗狂一顿，将HM02飞天送给了你。アサギシティ浅葱市
回到浅葱灯塔，这次直接坐电梯上去就行了，治好了灯塔的电龙（还真是光芒四射……），馆主蜜柑也回到了道馆，可以去挑战她了。出灯塔的时候接到了狩猎区老伯的电话，得知湛蓝市的狩猎区开放了，可以去逛逛。浅葱市的道馆没有机关，也只有馆主1人。对战比较简单。战胜后获得徽章及TM23钢铁尾巴。
馆主ミカン蜜柑
LV30小磁怪
LV35钢蛇
LV30小磁怪42号道路
返回圆珠市，这次走右边的道路进入42号道路，顺路可以捡到影子爪的TM。洞中钻出个大叔塞给主角HM04怪力。向右前进，路上又看到水君同志，还是打个招呼就跑……然后米那君又后知后觉的赶到……沿路战胜几个训练师后抵达乔基镇。チョウジタウン乔基镇
道馆被个死胖子挡住了，说有什么黑披风的怪家伙出没。看来暂时挑战不能，向上走去当地名胜愤怒湖转转吧。43号道路
火箭队的白痴们居然设路卡收费，一次就是1000块啊……一群混蛋，不过不愿意交钱的话可以走草地。かりのみずうみ愤怒湖
通过来到愤怒湖，这里有不少训练员，湖里的地图和旧版有些变化，需要绕绕。仔细看看，哇塞，湖中那个好闪的家伙是嘛？靠，是闪光的鲤鱼龙耶～赶快收服。当然你打算干掉他也没人反对……解决掉后获得红鳞片一块，可以拿去最开始见大木博士的房子那换取学习装置。回到右下岸边，看到那个黑披风男人，居然带着只快龙。他认为湖中之所以会出现闪光鲤鱼龙，是因为有人在捣鬼，想借助你的力量来查明这一切，并约好在乔基镇见面。チョウジタウン乔基镇
返回乔基镇，在那个用树伪装的天线旁边的屋子里找到黑披风男，原来这里是火箭队的秘密基地，湖中之所以会出现变异的鲤鱼龙，是因为这里发出的奇怪信号所致。（这啥信号，告诉我吧，省得我天天用雷达连锁去）进入火箭队的秘密基地，这里的监视很严密，每次通过猫老大雕像都会引来巡逻人员2个，很是麻烦。棋盘阵那里每走几步都会出来会自爆的小拳石、瓦斯弹和雷电球，不过都是野生的，逃跑即可。走过去后的黄 {MOD}传送点是回出口的，走左侧的楼梯下2楼，黑披风男也就是渡已经在这里等着你了，并且帮你恢复了精灵。继续前进到3楼，和渡对话得知火箭队现在将门全都锁起来了，需要拿到密码才能开启去BOSS房间的门，将此层的2个女性火箭队员战胜后对话即可获得2个密码。从右上的楼梯返回2楼，继续深入，在BOSS房间门口遇到对手红发男，一顿挑衅后他闪人了。用2个密码打开大门，进入BOSS的房间，靠这不是坂木么……当然不可能，其实是一名叫ラムダ的干部假扮的，打败他吧。
ラムダ
LV22超音蝠
LV23瓦斯弹
LV24拉达
打败他后，他养的黑暗鸦告诉主角其他门的密码。跟着黑暗鸦一路小跑，来到奇怪装置的门口，此时出现火箭队干部アテナ和小杂兵一名，不要怕，因为渡也会来帮忙。终于和渡组队了，泪流满面啊。在渡同学40级肥大（误）的威力下轻松打发掉2名火箭队的同学。解决后火箭队全员撤退，这里面的装置看来就是发射奇怪电波的机器，和渡分头解决6只供电的顽皮弹后搞定。（话说这装置能打包带走么……）作为感谢渡送给了我们HM05漩涡。解决掉火箭队后就可以去挑战道馆了，这里道馆是冰属性的。机关是靠推冰块外加滑行前进，推错了话，重进房间即可更新。第一个房间直接走，第二个房间从左边走把左边的冰块推到右边后向上走，第三个房间先将左边的冰块向右推，然后按上右下左上右上右上左上的顺序即可到馆主前。战胜后获得徽章及TM07冰雹。
馆主ヤナギ古柳
LV30小海狮
LV32白海狮
LV34长毛猪
刚出会馆门就接到空木博士的电话，说是小金市的广播台被火箭队入侵了，赶紧去看看吧。コガネシティ小金市
这里的街道已经被火箭队封锁了，不能走正门进入广播台，去地下通道看看，这里有个家伙会给你化妆成火箭队成员的模样，于是这样就可以混入广播台了。不过在就要成功的一刻，对手红发男突然跑来，认出了主角……看来只好把看门的火箭队成员干掉了。爬到顶层找到台长，可惜不是真的，还是地下基地那个ラムダ假扮的，他的水平还是和以前一样的菜，击败后获得地下通道的钥匙，真正的局长被关在那里。
再次进入地下通道见到舞姬小姐，继续前进用钥匙开门进入地下室。刚进去，对手红发男追了上来，这次看来是要开打了。
对手
LV30大嘴蝠
LV32纽拉
LV32主角精灵最终进化型
LV28小磁怪
LV30鬼斯通
战胜对手后，按照蓝红绿的顺序调查机关即可打开大门进百货大楼地下仓库，这里关着真正的局长，解救他后获得钥匙卡。返回广播台3楼用钥匙卡开门上楼，路上要分别跟火箭队的另外2名干部ランス和アテナ战斗，之后坐电梯到BOSS的房间。终于要面对火箭队的幕后老大アポロ了。长的好像银河团老大……难道是他弟么……
火箭队BOSS
LV35戴卢比
LV35瓦斯弹
LV38地狱犬
一番恶战后老大终于撤退了，这时局长出来感谢我们的英勇行为，并将にじいろのはね七彩羽毛送给了主角，有了这个就可以去铃塔召唤凤凰了。44号道路
返回乔基镇后就可以向右前进来到44号道路了，通过后进入冰之通路。こおりのぬけみち冰之通路
这里又有人给拍照了……不知道干什么用的。这里的谜题比较麻烦，第一个冰面的走法是上左上左下左上右。之后的冰面是右上左下左上右，取得HM07攀瀑布。拿到后进入2楼，这里的谜题和老版一样，将石头推到洞里。之后下到3楼，从梯子那个地面左上角往下数第2格的地方开始，按左下左上右的走法即可抵达楼梯。之后上楼，某个精灵球的拿法是要先从上面通过后，再把石头往回推。之后的冰面又遇到舞姬小姐，然后就出洞了，来到烟墨市。フスベシティ烟墨市
直接去挑战道馆吧，这里的属性是龙属性，进道馆后会有工作人员让你把随身的PM收起来，因为这家道馆曾经出过联盟冠军。（他居然叫我未来的冠军，有眼力）这里的机关是踩地板转台子，红 {MOD}是移动台子，蓝 {MOD}是旋转，当然旋转要有地方才能旋转，所以请先踩红 {MOD}移动到空地在旋转台子。馆主的海马龙相当难对付，请准备好大量补给。顺便说一句馆主是渡的表妹……战胜后，伊吹认为你还要经过试炼才能进入精灵联盟，所以并没有将徽章交给你。
馆主イブキ伊吹
LV38鲤鱼龙
LV41海马龙
LV38哈克龙
LV38哈克龙りゅうのあな龙之穴
出了道馆后，乘浪进入其后方的龙之穴，利用漩涡进入深处的小屋，在这里要接受长老的问题考验。
问：PM对你来说是什么
1.同伴 2.手下 3.朋友
问：你认为取得战斗胜利的关键是什么
1.战术 2.育成 3.作弊
问：你想要和什么样的训练师对战
1.弱小的 2.强大的 3.随便
问：你认为在育成中最重要的是什么
1.爱 2.暴力 3.知识
问：强的和弱的PM哪方更重要
1.强的 2.两方 3.弱的
我的选择是12332，之后伊吹出现，给你徽章，出口处又给你TM59龙之波动。 出了龙穴接到空木博士的电话，说有好东西要给你。ワカバタウン若叶镇
回到若叶镇，博士送了个大师球。（乃还真是好人啊）现在就可以从若叶镇向右进发去精灵联盟了。不过出发前另一主角告知舞姬小姐在圆珠市等你。エンジュシティ圆珠市来到圆珠市舞场，又看到对手红发男，没几句好话就闪了。进去舞场，5姐妹终于登场了，她们会询问你是否做好准备。回答是的话，则要先和她们5人大战一番，（不要想歪）对手是38级的五 {MOD}伊布。全部战胜后获得铃铛，然后一小萝莉跑进来告诉主角和舞女有巨大的精灵在铃塔的塔顶（银魂则是漩涡列岛的瀑布）。于是舞女姐姐让主角赶快去铃塔。以下内容为金心版专属
スズのとう铃之塔
给看门的和尚展示过全套徽章后，他放心的让主角进入了塔内。塔里的机关前几层还和老版一样是跳台，并不难解决。后面则增加了传送机关，还蛮有难度的。终于爬到塔顶后，看到舞姬5姐妹都在这里等着你了，5人通过舞蹈和铃铛的光辉，将凤凰召唤出来了。(比老板帅多了！赞！)剩下的就是主角的活了，想抓向虐随你便。(战斗BGM不错)
金心版剧情结束以下内容为银魂版专属
うずまきじま漩涡列岛
从浅葱市来到漩涡列岛，从右上的那个岛进入。然后选择上方的分叉道路，在尽头处遇到个和尚，向他出示银羽毛，就会让主角进去进入最深处洞穴，5个歌姬开始跳舞，海浪开始翻滚，然后路基亚从瀑布中冲出来。剩下的就是主角的活了，想抓向虐随你便。
银魂版剧情结束27号水道&26号道路
从若叶镇向右通过27号水道就进入关东地区了，刚上岸会有胖子给你关东地图的地图。穿过瀑布后就进入了通往联盟的道路，这里的训练员强大而且数量很多，要小心应对，不行就回家找博士玩电脑回体力。路的中段也有小屋可以恢复体力。チャンピオンロード冠军之路
系列老传统……野生,推石头各种繁琐，幸亏没训练师，慢慢打吧。其实也并不算很难过……出口处再次遇到对手红发男，陪他再战一场吧。战胜后进入精灵联盟-石英高原。
对手
LV36纽拉
LV37三磁怪
LV40对应主角精灵
LV37鬼斯通
LV37勇吉拉
LV38大嘴蝠セキエイこうげん石英高原
传统的四天王战了……不多解释，记得PC恢复前不要和那个带凯西的老头对话……否则会传回若叶镇…这一趟可就白跑了……10年前我就被这郁闷了一次。超能天王イツキ伊月，（帅了……）天然鸟会了蜻蜓反，迷纯姐的催眠很恶心，除此以外一般。
LV40天然鸟
LV41呆河马
LV41迷纯姐
LV41椰蛋树
LV42天然鸟毒天王キョウ阿桔，（出场也很帅）小心剧毒，另外核果有毒钉,带好药品就好。
LV40大蜘蛛（原谅我不知道这个正名叫啥）
LV43核果兽
LV44叉子蝠
LV41末入蛾
LV42臭臭泥格斗天王シバ志霸，志霸同志和10年前一样，正面硬碰硬毫无阴招。
LV42卡波拉
LV42沙瓦郎
LV42艾比郎
LV46怪力
LV43大岩蛇恶天王カリン卡琳，完全认不出来了，不过依然在拿霸王花和耿鬼凑数……
LV42月精灵
LV47地狱犬
LV45耿鬼
LV44黑暗鸦
LV42霸王花联盟冠军ワタル渡（感觉比当年猥琐了许多），地下基地已经见过了，当时的伙伴现在也是对手了！拿出自己全部的实力好好战斗吧。和10年前一样，渡同学的三只肥大（误）依然让人头痛。
LV46鲤鱼龙
LV48喷火龙
LV50快龙
LV49快龙
LV49快龙
LV48化石翼龙战胜渡后，主角成为城都地区的冠军，正当等着博士来走过场的时候，先出现的却是……小金市的美女广播主持可露美小姐，采访过后。跟着渡去登入殿堂吧，这次登入画面超帅……但是超耽误时间……