保证金追加风险:由于指数期货市场实行每日无负债结算制度，使得套利者必须承担每日保证金变动风险。当保证金余额低于维持保证金时，投资者应于下一营业日前补足至原始保证金水平，未补足者则开盘时以市价强制平仓或减仓。若投资者的保证金余额以盘中成交价计算低于维持保证金，期货公司有权执行强制平仓或减仓。
若套利者资金调度不当，可能迫使指数期货套利部位提前解除，造成套利失败。因此，投资组合的套利时要保留一部分现金，以规避保证金追加的风险。
纯粹套利者与准套利者共同竞争的风险:套利者可依据是否持有现货指数区分为纯粹套利者和准套利者两种。准套利者本身已拥有现货部位，当套利机会出现时，不用在市场上建立现货头寸，支付的套利成本较小。而纯粹套利者则须在建立现货部位上付出比较高的套利成本。因此，纯粹套利者所面临的价格区间相对于准套利者来说更宽。这样，对于有准套利者参与的套利机会，纯粹套利者处于不利地位，获利难度较高。
流动性风险:套利者在买卖现货时若遇到现货涨停或跌停而无法当日买入或卖出时，则面临延迟至第二个交易日交易的价格波动风险。当两市流动性不一致时，同样的交易量会引起期、现价格变化程度不一致。所以应密切关注两市流动性差异以及控制仓位。
股利发放不确定性风险:指数期货套利区间的计算中涉及到上市公司现金股息，但由于我国股市中股利发放时间不确定，因此在计算套利区间时必须考虑股息发放时间。
变动成本:冲击成本和等待成本的准确估计比较困难，它不仅取决于套利资金量的大小，与交易当日市场流动性也有很大关系，变动成本的错误估计可能导致套利失败。
跟踪误差:由于在用沪深300指数期货合约套利时完全复制沪深300指数比较困难，而且复制成本较高。在用沪深300指数的替代现货进行套利时，要注意两者在套利期间出现较大偏离的可能，如果在套利期间两者出现较大偏离就可能导致套利失败。