期现套利交易不仅面临着风险，而且有时风险甚至很大。主要的风险包括：
（1）现货组合的跟踪误差风险；
（2）现货头寸和期货头寸的构建与平仓面临着流动性风险；
（3）追加保证金的风险；
（4）股利不确定性和股指期货定价模型是否有效的风险。
由于面临这些风险，在考虑风险之后的套利收益率如果高于其他投资交易机会，那么期现套利活动才可能发生。因此，套利所面临的风险和预期收益率将影响套利活动的效率和期现价差的偏离程度。