1919年，在图利亚河首府的中心的一间名为[TORINO]酒吧里，一群人把建立一队足球队的构思付诸行动了。瓦伦西亚足球俱乐部孕育而生，她以另一种方式远播故乡的美名，而13世纪成千上万只蝙蝠对于瓦伦西亚第一位征服者的庇护，后来“蝙蝠军团”就由此得名。
这支足球队的第一任主席的推举，居然由一枚硬币来决定，Octavio Augusto Milego Díaz及Gonzalo Medina Pernás都有资格出任主席，他们决定抛一枚硬币，以落地后的正反面来决定主席职位的谁属。最后 Octavio Augusto Milego Díaz 幸运地胜出。但他们还像以前一样，没有倾轧与妒忌，肩并肩地在 la calle Barcelonina 上一间房子里一起工作，承担起这所新俱乐部的事业。巴伦西亚就是这样的诞生。第一年的巴伦西亚管理层还有他们： Pascual 兄弟，Julio Gascó，Andrés Bonilla，José Llorca，Fernando Marzal 和 Adolfo Moya。
不过，瓦伦西亚的成立，无论在社会上，或是在媒体上，都没有任何反响。由于社会上政治局势，西班牙正处于不确定的时代，当时的报纸难以处理体育新闻。在瓦伦西亚成立之前，这城市里已经存在几间俱乐部，但他们都没有主导瓦伦西亚的足球。1908年，这里已经有几个俱乐部在瓦伦西亚大区：莱万特， Real Gimnástico ， Hispania 或 Hispano 。
俱乐部成立后，第一场比赛是客场比赛，地点在卡斯迪隆，时间是1919年5月21日，对手是 Real Gimnástico ，结果以1:0获胜。这场比赛上场的球员将会记加载瓦伦西亚的史册上：Marco，Amador Peris，Julio Gasco，Fernando Marzal，Pepe Llobet，Antonio Ferre，Luis Fernandez，Umbert，Martinez Ibarra，Aliaga 及 Gomez Juaneda。
第一个瓦伦西亚的自己拥有的球场是已经不存在的阿基罗斯，于1919年12月7日竣工启用。阿基罗斯是俱乐部所有主场赛事的举办地点，直到1923年当梅斯塔利亚球场正式使用。在梅斯塔利亚球场开幕当天，俱乐部请来的 Castellón Castalia 作表演赛，结果为0:0。翌日，两队的再次进行比赛，瓦伦西亚赢得1:0。 西班牙内战结束后，瓦伦西亚不得不作出调整去适应新的环境。1936年那时的球员，许多都在3年后离开了瓦伦西亚。战争影响到了人们日常生活，当然也包括足球。1939年6月， Alfredo Giménez Buesa 当选了瓦伦西亚的主席， Luis Casanova 成了副主席。这时，新一代的俱乐部管理层有一个重要的任务，就是要找回俱乐部在足球方面的优势。虽然这种优势当时被认为只是在公众的回忆中幸存下来。而另一位从战争中幸存下来的巴伦西亚重要成员——梅斯塔利亚球场。在连续的空袭中，梅斯塔利亚球场几乎被摧毁殆尽。球场被重新设计并扩建至可以容下22,000名观众。 Giménez 之后《 Casanova》 众望所归当选俱乐部的主席。在他的任期里，俱乐部迎来了自己的黄金岁月。前 10个赛季里，瓦伦西亚赢得了 3个联赛冠军和2个杯赛冠军（即现今的西班牙国王杯）。这些辉煌的成就，可以解释为：那些战争前的主力球员们继续留在俱乐部；拥有由 Epi，Amadeo， Mundo，Asensi，Gorostiza 组成的梦幻般的“闪电锋线”；主席 Luis Casanova 的个人魅力；教练席上 Cubells，Moncho Encinas，Pasarín，Jacinto Quincoces 的出 {MOD}指挥；梅斯塔利亚球场的恢复；还有俱乐部建立了附属球队瓦伦西亚梅斯塔利亚队。
毫无疑问，当时的瓦伦西亚是支伟大的队伍，至少被称为是在当时世界上最好的球队之一，拥有 Ignacio Eizaguirre 作为门将，由两个非常了解对方的后卫， Álvaro and Juan Ramón 来负责中路防守，还有一条由两个巴伦西亚人和三个巴斯克人组成的“闪电锋线”。这支队伍为俱乐部夺得了第一个全国锦标：1941年的西班牙国王杯。这是这支无敌之师开始其20年辉煌历史的第一个战利品，你可以想像在图利亚河首府的庆祝活动有多么盛大。赢得奖杯，联赛排名第三，拥有数名国际级球员，这使得巴伦西亚在西班牙迅速跻身成为“大俱乐部”的行列。
当1941/42赛季俱乐部赢得历史上第一个西班牙联赛冠军时，梅斯塔利亚的辉煌达到顶点。不过讽刺的是，当时的杯赛居然比联赛更重要。不过就算是这样，巴伦西亚的那个赛季依然让人热血沸腾。球队不仅刷新了联赛的入球记录（26场比赛进85球），而梅斯塔利亚更成为了无懈可击的堡垒。（只有　Atlético Aviación 在巴伦西亚主场取得过胜利），巴伦西亚变成了一支无坚不摧的超级劲旅。当时队中的前锋， E及 Mundo，更是以27个入球成为该赛季的最佳射手。
经历了一个赛季的沉默，在1943/44赛季，巴伦西亚再次登上联赛冠军的宝座。这一次，巴伦西亚是从联赛开始便一直领跑积分榜，而只有巴塞罗那曾在联赛中以4:3击败过主场的巴伦西亚。 Mundo 又一次以27个入球高居射手榜首位。巴伦西亚在联赛中的优势太过明显以至于人们都开始忽视联赛的存在，不过巴伦西亚的球迷们没有理由不高兴，看着自己的队伍在4年内捧起了第3座奖杯。
在40年代，巴伦西亚也并不是一帆风顺。事实上，巴伦西亚是唯一一支连续三次进入西班牙杯赛决赛都饮恨的西班牙球队。在1944、1945和1946年连续三届杯赛，巴伦西亚都功亏一篑取得亚军。这次连续的决赛失利被认为是受到了嫉妒的诅咒，因为那三场决赛都是在同一场地上进行的—— Estadi Olímpic de Montjuïc。这座位于巴塞罗那的球场被巴伦西亚球迷称为不祥之地。第一年，巴伦西亚在这里以0:2不敌毕尔巴鄂竞技，第二年巴伦西亚2:3再次被巴斯克雄师绊倒，第三年皇家马德里以3:1让巴伦西亚人再次流下伤心的眼泪。
1946/47赛季，巴伦西亚第三次成为联赛冠军，而当时，真正意义上的足球场开始与体育场开始区别开来。巴伦西亚在那个赛季的夺冠路程可谓跌宕起伏。球队在联赛开始时的表现非常糟糕，8轮比赛过后，巴伦西亚仅比联赛垫底的队伍高 2分。但到了联赛的最后一轮，联赛冠军到底花落谁家仍然未有答案。所有人都看好毕尔巴鄂夺冠，但马德里竞技（原名 Atlético Aviación ，1947年一月改名马德里竞技）和巴伦西亚都还有机会。在最后一场联赛中，Pasarín 的巴伦西亚以6:0击败了皇家希洪竞技，而他的对手却都停下了前进的脚步。毕尔巴鄂竞技3:3战平拉科鲁尼亚，而马德里竞技则被自己永远的敌人皇家马德里2:3击败。凭借与毕尔巴鄂的对赛优势，以及在联赛两回合比赛中，因为无论在圣马梅西球场还是梅斯塔利亚球场都击败了对手。巴伦西亚奇迹般中再次举起联赛冠军奖杯。在没有电子记分牌也没有无线电广播的年代里，是从电话里得知巴伦西亚赢得第三次联赛冠军的喜讯。
在40年代末，球队经历了球员更替的时期，Puchades 及 Vicente Seguí 开始成为球队的中后卫。巴伦西亚在巴塞罗那市经历了三次失败的杯赛决赛。直到1949年，场地换成了西班牙首都的球场，对手依然是毕尔巴鄂竞技。这是场非常艰难的比赛，最终由Epi一箭定江山，而这一场胜利也为这位在球队史上战绩彪炳的功勋级人物的巴伦西亚时代划上了完美的句号。 在1961年7月2日，整个巴伦西亚市沉浸在忧伤中，巴西人 Walter 在通往 El Saler 的道路上遇上交通意外死亡。这时，俱乐部的主席 Julio de Miguel Martínez de Bujanda 在接下来的时间里开创了巴伦西亚历史上一个辉煌的10年。同时在这个时候，西班牙足球有了一个新的挑战：参加欧洲赛事，向其他欧洲列强证明自己的实力。
Julio de Miguel 取得的第一个锦标就是城市博览会杯冠军。这项比赛的参赛权需由比赛委员会的邀请，而并不是由联赛中的成积而决定。当时 Julio de Miguel 成功签下一名伟大的球员——巴西人 Waldo Machado ，他在梅斯塔利亚给球迷留下了无数个激情的夜晚，并且是俱乐部历史上的顶级射手之一。他的任意球，他那令人难以置信的打门，还有他的快乐足球，都在西班牙及欧洲大陆留下了不可磨灭的印记。 Waldo 的最佳拍档就是 Vicente Guillot， Vicente 给巴西人的传球总是恰到好处，在球场上他们似乎闭上眼睛都可以找到对方。伴随着巴伦西亚在欧洲成功是在联赛中平庸表现。
在1961/62赛季，巴伦西亚能够保持在主场的高得胜率，却总是在客场无法取得足够的积分。联赛结束时，他们落后皇家马德里12分，排在第7位。而在国际城市博览会杯的赛事中，巴伦西亚的第一个对手是当时英格兰最强大的足球俱乐部之一诺定咸森林。第一场比赛，在英国人的主场进行，结果球队取得了5:1的辉煌胜利。在打败这支英国球队取得晋级资格后，下一个倒在巴伦西亚的铁蹄下的就是瑞士球队洛桑。巴伦西亚顺利进入了八强，对手是强大的国际米兰，结果球队在梅斯塔利亚球场以2:0击败国际米兰，而在国际米兰的主场双方战成3:3。进入四强，球队击败了布达佩斯MTK，在巴伦西亚，球队以3:0大胜，在布达佩斯则是一个惊人的7:3狂胜，这也是巴伦西亚在欧洲赛中取得的最高得分记录。此时，一位老对手正在决赛中等待着巴伦西亚：巴塞罗那。在1962年9月12日，成千上万的疯狂的巴伦西亚人支持者涌进了梅斯塔利亚球场，这场比赛的胜利是决定性的，6:2的赛果让巴塞罗那在这场城市博览会杯决赛首回合向巴伦西亚俯首称臣。接下来的比赛在诺坎普体育场举行，结果踢成1:1平手，7:3的两回合总比数，最后的胜利是历史性，巴伦西亚第一次高举了国际城市博览会杯，球队在赛事中共攻入33个入球，创造了城市博览会杯比赛的入球最多纪录。
1962/63赛季，作为城市博览会杯的卫冕冠军身份，巴伦西亚在接下来的一个赛季里成功卫冕。在卫冕的征途上，第一个障碍是3支苏格兰的球队：凯尔特人、邓弗姆林和喜百年。在四强，巴伦西亚将面对罗马，在梅斯塔利亚，巴伦西亚干净利落的以3:0取胜，但在客场奥林匹高球场，巴伦西亚仅以0:1落败，但是巴伦西亚还是顺利拿到了进军决赛的入场券。决赛中的对手是萨格勒布戴拿模。首回合的比赛在南斯拉夫城市萨格勒布举行，巴伦西亚开赛不久便落后了，但是多亏了 Waldo 和 José Antonio Urtiaga，他们为巴伦西亚追成平手。次回合比赛于1963年6月26日在梅斯塔利亚举行，50.000位观众见证巴伦西亚在本场比赛中的精彩表现，他们以2:0击败这支来自巴尔干的球队，Mañó 和 Héctor Núñez 分别建功。
在接下来的一个赛季，巴伦西亚再一次打入城市博览会杯决赛。在打败爱尔兰的沙姆洛克流浪、奥地利的维也纳迅速和匈牙利乌派斯，之后的四强里，巴伦西亚遇上了德国科隆，球员费了一番努力才能打败德国人。另一支西班牙球队——萨拉戈萨正在等待决赛中与巴伦西亚对决(此届决赛场地为中立场诺坎普体育场，采用一回合赛制)，这次的结果与前两次不同，胜利是属于来自阿拉贡地区的球队，他们凭借著 Villa 和 Marcelina 的两个入球以2:1的赛果捧起了冠军奖杯， Urtiaga 为巴伦西亚扳回一分。决赛受挫于萨拉戈萨是一次沉重的打击，此后的三年巴伦西亚一度沉默了。
这一切都在1967年6月得到改变，一项新的桂冠降临梅斯塔利亚，不过这一次奖杯换成了西班牙国王杯。巴伦西亚一直保持着球队的新陈代谢。这次轮到了 Juan Cruz Sol 和 Pepe Claramunt ，这两位关键球员的加盟，帮助巴伦西亚再次在西班牙足坛占上重要位置。还有依靠 Waldo，澳洲守门员 Abelardo，巴伦西亚打入了1967年的西班牙杯决赛。晋级决赛的道路是漫长而艰难的，在轻松击败首两轮的对手卡迪斯和皇家贝蒂斯之后，在八强巴伦西亚杀退了传统弱旅皇家马德里，并在四强遇上另一支来自巴伦西亚自治区的球队艾尔切，决赛面对的是另一个老对手：毕尔巴鄂竞技。决赛在首都马德里举行，依靠 Paraguayan Anastasio Jara 和 Paquito 的入球，巴伦西亚击败了巴斯克对手， Roberto Gil 举起了球队历史上的第四座西班牙国王杯，这座新的奖杯对于渴望荣誉的巴伦西亚球迷无疑是一份最好的礼物。
在接下来的1967/68赛季，巴伦西亚首次在欧洲杯赛冠军杯中登场，在第一轮的赛事中巴伦西亚打败了北爱尔兰的十字军队，在第二轮赛事中淘汰布加勒斯特星队，但在八强惨被拜仁慕尼黑淘汰，因为当时对手拥有传奇球员碧根包华和美亚。在1967年捧杯以后，巴伦西亚再次沉寂了三年，直到70年代初，奖杯才再次回到巴伦西亚。
1980年，历经辛苦，瓦伦西亚终于杀进了优胜者杯决赛。对垒的阿森纳队是英格兰五大豪门之一，前场进攻如水银泻地，杀伤力惊人，别号“枪手”。比赛战平后，瓦伦西亚在点球战中5比4险胜对手，侥幸地赢得了奖杯。接着，瓦伦西亚队又力克英格兰诺丁汉森林队，捧回欧洲超级杯，这也是西班牙球队第一次夺得欧洲超级杯。接连两次击败英国对手，这已不仅是瓦伦西亚球迷的骄傲，骄傲同时属于所有的西班牙球迷。
球迷期待着瓦伦西亚取得更加辉煌的成绩，尤其是在国内战场打破皇马和巴萨的封锁，但整个九十年代，球队仅仅在1999年获得西班牙国王杯冠军这一项冠冕。
进入了21世纪,瓦伦西亚也迈入了超级强队的行列,分别在2002年、2004年获得两届联赛冠军,并在2004年捧起欧洲联盟杯,完成双冠王霸业.令人扼腕的是,瓦伦西亚队在1999-2000和2000-2001连续两届欧洲冠军联赛中打进决赛,结果都以失败告终。 新加坡华裔富豪林荣福（Peter-Lim）与瓦伦西亚的绯闻一直不绝于耳，此前林荣福已经出资收购了俱乐部的大部分股权，成为俱乐部的大股东和投资人，但要成为俱乐部的新主人，清还欠债成为必要条件。
由于修建梅斯塔利亚球场，瓦伦西亚无力承担高额费用，因此近些年只能通过卖球员维持生计，席尔瓦、比利亚、马塔等优秀球员相继离队，球队也从一直欧冠常客沦为了看客。据《马卡报》报道，林荣福已经同意融资7200万欧元用以偿还俱乐部的债务，此外银行也与新加坡富豪达成一致，将担保金额由原来的2亿欧元降低到1.4亿，林荣福已经同意，只要在当地时间周五18:00前签订协议，林荣福就将正式成为西甲球队的新主人。
林荣福祖籍福建，是新加坡的一名富商，在股票市场赚得第一桶金后开始逐渐涉足其他的领域，并成为了新加坡最有钱的人之一。他酷爱足球，早在收购瓦伦西亚前，还曾经与米兰以及利物浦队传出过收购绯闻，但都不了了之。2014年3月福布斯杂志公布的全球亿万富翁排行榜上，林荣福排名第655位，净资产达15亿美元。