套利交易最常见的风险是组合交易只有部分成交，未成交部分则暴露在不确定性风险下。罕见的风险包括交易对手风险，即交易对手违约，无法支付保证金;以及流动性风险，即交易的对象失去流动性，无法完成交易。

此外，当市场出现剧烈价格震荡，套利风险将无限增大。因此一般在较稳定的市场环境里做套利操作。