尽管一般情况下套利交易的风险要小于纯粹投机者所需要承担的风险，但在实际操作过程中有可能面对以下几种可能出现的风险：
　　一、套利交易过程中因为某个交割月份出现单边行情而可能被强制减仓的风险
　　套利交易的基本原则是交易者同时进行数量相同、方向相反的交易，同时平仓并同时开仓。但按照股指期货风险控制管理办法，当某个交割月份出现连续单边行情时，交易所有权对该合约的持仓实行强制减仓。由于股指期货收盘的时间比股市晚15分钟，如果在股市收盘后，股指期货市场启动了交易所强制减仓措施，由于交易所执行股指期货的强制减仓对套利头寸并没有优惠待遇，那么在股指期货市场持有的套利头寸就有可能会被交易所强制减仓。如果套保者或期现套利者的期货头寸被强制减仓，就会导致股票现货头寸的风险暴露。
　　二、由于保证金追加不及时而被强行平仓的风险
　　套利交易需要在期现市场、同一个市场不同交割月份、同一市场相关交易品种或者同一品种不同交易市场同时进行方向相反的交易，由于截止到目前为止国内股指期货交易规则中并未对套利交易在手续费和保证金方面给予优惠，因此套利交易相对于单纯的投机在交易保证金和手续费方面成本要增加一倍。此时，如果股指期货出现行情大幅波动，无论交易所提高保证金水平还是套利交易者弥补浮动亏损都需要追加大量的保证金，此时，套利交易者追保的压力要明显大于单纯的投机交易，如果该套利交易者不能及时将保证金追加到位，该交易则面临某个交割月持仓被强制平仓的风险，一旦某个合约被强制平仓，另一个期货合约就变成单向投机交易，套利交易者就需要承担相应的投机风险。
　　三、套利交易过程中可能产生较大的冲击成本，冲击成本可能冲抵套利利润甚至导致套利出现亏损
　　跨期套利交易者需要在同一个市场上两个不同交割月份上同时进行数量相同、方向相反的交易，从目前国外股指期货的实际运行情况看，股指期货往往集中在某一个交割月份，其他交割月份交易往往比较清淡。在股指期货个别交割月流动性出现不足时，如果在该月份交易可能出现要么不能及时成交、要么成交价格距离自己的预想差距很大，这种情况可能会加大套利成本，影响到套利利润，甚至导致套利出现亏损。
　　四、期现套利时，由于现货股票组合与指数的股票组合不一致可能产生模拟误差
　　股指期货市场上，期现套利是一种主要的套利形式。准确的期现套利要求卖出或买进股指期货合约的同时，在现货市场上买进或卖出与其相对应的股票组合。但在实际操作过程中，两者很难做到准确对应。
　　造成二者出现误差的原因主要有以下几个方面：
　　一是组成指数的成分股数量太多，要模拟这个指数需要在短期内完成多只股票的买卖，实际操作过程中有很大的难度。
　　二是即使组成指数的成分股数量不是很多，但由于指数是以市值为比例构造的，但实际股票买卖的最小单位是100股，从而导致现货的股票组合指数与指数的股票组合出现差别。
　　三是个别时期指数中个别成分股由于出现涨跌停板而无法买入或卖出，影响到现货股票组合与指数股票组合的一致性。
　　由于现货股票组合和指数股票组合可能出现一定差别，势必导致两者在未来的走势或回报中不一致，这导致从事期现套利可能出现模拟误差。
　　五、程序化交易可能导致的交易损失
　　不同于单个月份的投机交易，套利交易者要利用两个交割月份的价差变化赚取利润。从理论上讲，只有当某个交割月份的股指价格高于或低于两个月份的正常价差水平时，跨期套利才有盈利的可能。但由于股指期货市场上套利交易者的大量存在，这种套利机会稍纵即逝，机构投资者往往采用计算机程序进行跨期套利。
　　程序化交易尽管具有客观性的优势，但操作起来也有一定的风险。首先，程序化交易的参数是在过去交易数据基础上计算出来的，过去的交易状况不能代表今后的股指期货行情走势；其次，程序化交易是以大概率事件为原则进行编制的，如果出现小概率事件，套利交易时采取程序化交易可能给交易者带来双边亏损。
　　此外，按照当前的交易规则，当进行期现反向套利时，可能导致融券成本增加，加大套利交易成本。

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