刷机，又叫重装系统，手机方面的专业术语，是指通过一定的方法更改或替换了手机原版系统中固有的一些语言、图片、铃声和软件版本或者操作系统，可以使手机功能更加完善。刷机可以是官方的，也可以是非官方的。目前常见的有两种；
第一种: Odin平台刷机法，主要针对RAR格式的rom使用。
第二种：CWM刷机法（即恢复模式刷机），CWM恢复模式是著名的第三方Recovery，全称ClockworkMod Recovery，它的用途在于清除数据，刷入第三方系统（安装zip升级包），备份和还原系统。手机的恢复模式是一个很好的刷机自有平台，不少国外的ROM都是根据这个平台编写的，这种刷新方法主要针对zip格式的rom（最好是完整rom包）进行刷机，一般内核即部分内核、各种美化包等就用此方法刷。
两种方法有区别，简单说，同版本之间刷机（原来是官方2.3.5的，刷民间2.3.5的）可用CWM刷机。超版本刷机就只能用Odin平台刷机了。
以上回答希望可以解决你的疑虑。
希望对你能有所帮助。

相当于电脑刷系统，把手机软件全部刷掉只剩硬壳，然后换新软件
恢复出厂设置相当于电脑的恢复系统，软件系统还在

刷机就是你的所有手机文件都会被自动删除掉，然后，手机就像新买的一样所有东西都会是原来的样子