1、潜在收益受限制。在许多投资者看来，套利的最大缺点是潜在的收益受限制。这是很正常的，当限制了交易中的风险，通常也会限制的潜在收益。不过，最终是否选择套利交易，还得权衡套利的诸多优点和有限的潜在收益。
2、绝好的套利机会很少频繁出现。套利机会的多寡，与市场的有效程度密切相关。市场的效率越低，套利机会越多；市场的效率越高，套利机会就越少，目前国内的期市而言，有效程度还不高。不过，相对于单边大趋势，每年的套利机会也算多的了。
3、套利也有风险。套利虽然具有有限风险、更低风险的优点，但毕竟还是有风险的。这种风险来自于：价格偏差继续错下去。合约之间的强弱关系往往在短期内保持“强者恒强，弱者恒弱”的态势。假如这种价格偏差最终会被纠正，套利者在这种交易中也不得不遭受暂时的损失。