（1）两者的目的不同
套利交易的主要目的是在承担较小风险的同时，获得较为稳定的利润。而套期保值的目的是转移市场风险，并不以盈利为目的。在很多套期保值的成功案例中，期货部位往往是亏损的，但只要期货与现货两个市场的盈亏基本相抵，就达到了套期保值锁定风险的目的。
（2）两者的基础不同
套期保值者一般是在现货市场上持有头寸，或者预期将持有现货头寸，因而在期货市场上建立反向的期货头寸以管理现货风险，也就是说，如果没有现货市场的交易需求，就不会持有期货部位。而套利则不同，其所持有的多头部位、空头部位以及现货部位都是套利交易的一部分，套利者从这些头寸的相对价格差异中获得利润。
（3）两者涉及的市场范围不同
套期保值只涉及现货和期货两个市场。而在套利交易中，交易者既可在期货和现货市场同时操作进行期现套利，也可仅在期货市场进行套利：或在同一品种不同交割月之间进行跨期套利，或在不同品种同一交割月之间进行跨品种套利，或在不同的期货市场之间进行跨市场套利。
（4）两者的依据不同
套期保值依据的是期货市场和现货市场价格变动的一致性，并且变动的趋势、幅度越一致，套期保值的效果越好；而套利交易者利用的期货与现货之间，或者期货合约之间的价格出现的不合理偏差来获取套利利润的，并且这种不合理的价差越大，套利交易的利润就越大。
拓展资料：
一、套期保值的基本特征：某一时间点，在现货市场和期货市场对同一种类的商品同时进行数量相等但方向相反的买卖活动，即在买进或卖出实货的同时，在期货市场上卖出或买进同等数量的期货，经过一段时间，当价格变动使现货买卖上出现盈亏时，可由期货交易上的亏盈得到抵消或弥补。从而在“现”与“期”之间、近期和远期之间建立一种对冲机制，以使价格风险降低到最低限度。
二、套期保值的理论基础：现货和期货市场的走势趋同（在正常市场条件下）,由于这两个市场受同一供求关系的影响，所以二者价格同涨同跌；但是由于在这两个市场上操作相反，所以盈亏相反，期货市场的盈利可以弥补现货市场的亏损，或者现货市场的升值由期货市场的亏损抵消。